O reino Monera é um grupo parafilético e assim não é mais considerado um grupo taxonomicamente válido . Nele são agrupados seres com células mais simples, a célula procariótica, sem membrana que separa o material genético do citoplasma, a carioteca. Há algumas algumas décadas descobriram que haviam dois grupos bem distintos e pouco relacionados filogeneticamente pela análise molecular. Estes são atualmente chamados de arqueas, mais aparentadas com as espécies eucarióticas do que com as bactérias. Por isso, as arquéias foram separadas das bactérias em domínios (categoria taxônomica acima de reino) diferentes: o Bacteria e o Archea.